Si necesitas hacer un esquema de forma rápida y sin complicaciones de ningún tipo, lo mejor que puedes hacer es recurrir a Dia, una herramienta de código abierto procedente de Linux.
La utilización de capas es una de sus principales características. Empléalas para diseñar modularmente las distintas áreas del esquema, así no tendrás que modificarlo en conjunto a la hora de realizar un cambio.
Dia también destaca por la posibilidad de anclar elementos. Mediante esta función es posible desplazar un objeto como una caja o una elipse sin que la flecha que apunta a éstas se vea afectada por dicho desplazamiento, esto es, no tendrás que volver a rehacer el esquema de forma completa.
Las formas que puedes dibujar con Dia van desde la habitual elipse, el rectángulo, la flecha, el polígono, etc.
Nota
Dia requiere GTK+ Runtime Environment. Instala primero GTK+ y luego la aplicación.

Hasta ahora utilizaba Power Point para hacer esquemas. Word lo descarté por lo engorroso que resulta. Qué alegría me he llevado al descubrir DIA. Los elementos se pueden anclar, facilitando así la creación de esquemas. Una buena opción si tienes que crear un diagrama inmenso. Ah! Y es como Photoshop, viene con soporte para capas.
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